El riff de guitarra de la canción la compuso el guitarrista Mike McCready, quien dijo: «Bueno, lo que pasó con todo eso fue que estaba sentado junto a Stone y tenía dos ideas. Una idea en la que trabajé muy duro y pensé que era totalmente genial y luego se la presenté, y él me dijo: ‘eso no esta bueno. ¿Tienes algo más?’ Y entonces, la otra cosa que tenía fue el riff de «Save You», y él dijo: ‘Oh, eso es genial’. Luego Stone y yo la probamos en el estudio antes de grabar, y simplemente… tenía buena energía. Fue más bien su entusiasmo lo que hizo que esto sucediera».

Más allá de la música, sin embargo, la ira y la frustración de Eddie Vedder son el pulso de «Save You». Conversando con The New Zealand Herald antes del lanzamiento de Riot Act, el frontman de Pearl Jam habló sobre las luchas que enfrentó al ver a sus amigos atravesar la adicción, particularmente aquellos que luchan contra la heroína.

«Una cosa que he aprendido sobre la adicción en los últimos años es que haber visto a otras personas pasar por eso, y realmente no haberlo hecho, con heroína puede afectarte con tanta intensidad. No lo entendía completamente y muchas veces era fácil llegar a la conclusión de que culpabas a la persona o la acusabas de debilidad o preguntabas: ‘¿Por qué Kurt (Cobain) no pudo mantener la calma?’. Siempre hay eso en el fondo de tu mente. Entonces, con toda la simpatía y empatía que pudiste reunir, todavía sentiste: ‘Guau, había mucho por qué vivir’. Lo que he aprendido es que realmente no hay culpa. Les ha pasado a algunas personas que me importaban mucho y estaban tan unido, así que realmente no es culpa. Creo que la canción expresa lo mucho que quieres ayudar».

Si bien muchos creen que «Save You» se inspiró en la vida, las luchas y la muerte del cantante de Alice in Chains, Layne Staley, todo indica que la canción se inspiró en más de una situación. Pearl Jam honraría a Layne Staley con la canción oculta, «4/20/02», que se encuentra al final de «Bee Girl» de Lost Dogs: Rarities y B-Sides.