La historia detrás de esta canción está ligada a la historia detrás de «Rooster», uno de los mayores éxitos de Alice in Chains. Su padre, también llamado Jerry Cantrell, era un veterano de Vietnam. La historia de su vida en tiempos de guerra es la base de «Rooster».

En «Brother», escuchamos la historia del divorcio del padre de Cantrell y un evento desencadenado por la tensión emocional de su servicio militar. Jerry Cantrell no tuvo mucha relación con su padre cuando era niño. Vivía con su madre y su abuela en Tacoma, Washington, con un hermano menor llamado David y su hermana Cheri.

Su hermano David se fue a vivir con su padre y Jerry no lo vio durante varios años. Cantrell escribió «Brother» para superar sus sentimientos y crear un puente con David, tal como más tarde usó «Rooster» como conducto de regreso a su padre.

“La nuestra era una familia divorciada, yo era el hermano mayor y teníamos una hermana Cheri en el medio. Como sabes, cuando eres niño no hay forma de que quieras pasar el rato con tu hermano menor de cuatro años. Te encargarás del tipo si alguien intenta patearle el trasero, pero aparte de eso no querrás saber nada. Creo que fui muy duro con él, especialmente sin mi padre cerca. David no tenía a nadie, se fue a vivir con mi papá y no nos vimos mucho durante unos buenos 6 o 7 años. Esa canción era sobre el tiempo que estuvimos separados, y como «Rooster» era mi papá, era una forma de intentar construir un puente”.

En una entrevista en 1993, Jerry Cantrell comentó a Guitar World que usaba la composición para exorcizar sus demonios. Atribuyó la naturaleza profundamente personal de sus canciones al éxito de Alice in Chains. La misma observación se aplica al resto de la explosión grunge de los años noventa, que cambió la escena musical a través de su cruda sinceridad.

«Brother» fue lanzado en Sap, el segundo EP de estudio de Alice in Chains. El EP reveló un lado diferente y más folk de la banda. Querían mostrar más profundidad y flexibilidad. La vida de Cantrell estuvo marcada por una fuerza de voluntad férrea pero también por su lealtad. Después de obtener su primer disco de oro con Sap, envió discos de oro al coro de su escuela secundaria y a sus profesores de teatro, dos de sus primeros seguidores. La misma lealtad se puede ver en «Brother» y «Rooster».